A partir del año 1995, el FONAES inicia la operación de la cuenta del Fondo Canadiense para el Medio Ambiente (FCMA) con recursos provenientes de la condonación de la deuda por parte del gobierno de Canadá por proyectos relacionados con el Medio Ambiente en El Salvador; en el marco de operación de este fondo, el FONAES durante el periodo comprendido entre los años 1995 y 2004 financió una serie de proyectos ambientales enfocados principalmente a: la conservación e incremento de la biodiversidad, el control de la contaminación ambiental, conservación y aprovechamiento de los recursos hídricos, educación ambiental, reforestación y fortalecimiento institucional.

En el año 2004, y con la finalidad de darle la continuidad estratégica al proyecto de Conservación y Aprovechamiento de los Recursos Hídricos, se gestionó ante el Fondo Franco Salvadoreño, el financiamiento necesario para la implementación del programa piloto denominado Techo y Agua, dirigido principalmente a comunidades y grupos vulnerables; dicho programa, tiene como propósito fundamental iniciar un proceso sistemático de aprovechamiento de agua lluvia en zonas de difícil acceso a otros medios tradicionales de abastecimiento de este vital líquido. Los resultados obtenidos con este programa fueron tan exitosos que permitieron al FONAES gestionar con el Fondo Franco Salvadoreño la asignación de recursos para el financiamiento del programa durante un periodo de 12 años.

En su empeño por fomentar el fortalecimiento de la institucionalidad ambiental y con el propósito de involucrar a distintos sectores públicos y privados, el FONAES crea en junio del 2004 el programa piloto de educación ambiental Guardianes Ambientales, estableciendo en junio de 2004 para ello un acuerdo de cooperación con los Ministerios de Medio Ambiente y Recursos Naturales (MARN), Educación (MINED), Salud Pública y Asistencia Social (MSPAS), el Consejo Nacional para la Cultura y el Arte (CONCULTURA), el Fondo de las Naciones Unidas para la Infancia (UNICEF) y Radio UPA, con la finalidad de apoyar las acciones del programa, cuyo objetivo principal y en coordinación con el Ministerio de Educación y la empresa privada, es crear a nivel nacional un movimiento de niñas y niños comprometidos con y para el rescate ambiental del país, forjando ciudadanos conscientes sobre la necesidad de que las decisiones que se tomen deben ser armoniosas con el medio ambiente comenzando en su lugar de estudios, abarcando su entorno y desarrollando actividades encaminadas a conservar los recursos y bienes ambientales.

Asimismo, el FONAES ha realizado un esfuerzo sostenido de trabajar con la sociedad civil y de crear vínculos con los actores locales   prueba de esto fue la creación de los Comités Ambientales Departamentales, la Red de Unidades Ambientales Municipales con 58 convenios Firmados, la Estrategia de Convenios Marcos que se ha venido implementando desde el 2014 con un total de 10 convenios firmados y alianzas con Universidades y Asociaciones Juveniles, como la Campaña de Reforestando Centroamérica

Desde el 2014 se logró la firma de Una carta de Entendimiento entre el FONAES y el MARN que permite al Fondo captar fondos provenientes de las compensaciones Ambientales.